Được thành lập trên cơ sở sáp nhập Đoàn Khối các cơ quan tỉnh và Đoàn Khối doanh nghiệp tỉnh theo quyết định số 293-QĐ/TĐTN-TCKT, ngày 01/7/2019 của Ban Thường vụ Tỉnh Đoàn, Đoàn Khối cơ quan, doanh nghiệp tỉnh hiện có 50 tổ chức cơ sở Đoàn với hơn 2.500 đoàn viên. Thấm nhuần lời dạy của Bác “Đâu cần thanh niên có - việc gì khó có thanh niên”, tuổi trẻ Khối cơ quan, doanh nghiệp tỉnh Phú Yên luôn khẳng định vai trò, vị trí của mình, ra sức thi đua lao động sáng tạo, lập thân lập nghiệp, hăng hái tham gia các hoạt động tình nguyện với phương châm “lấy chuyên môn làm tình nguyện, lấy chuyên môn phục vụ cộng đồng” phát huy các thế mạnh của sức trẻ năng động, sáng tạo cùng chung tay xây dựng, phát triển tỉnh nhà, xây dựng hình ảnh đẹp của đoàn viên, thanh niên Khối cơ quan, doanh nghiệp tỉnh.

Sáng ngày 8/7/2019, tại phòng Hội thảo Trung tâm hoạt động thanh thiếu nhi Phú Yên (cơ sở 2), Tỉnh Đoàn Phú Yên tổ chức Hội nghị công bố quyết định sáp nhập Đoàn Khối các cơ quan tỉnh và Đoàn Khối doanh nghiệp tỉnh Phú Yên. Về dự có đồng chí Nguyễn Phướn - Phó Bí thư Đảng ủy Khối cơ quan, doanh nghiệp tỉnh Phú Yên; Thường trực Tỉnh Đoàn; các Huyện, Thị, Thành Đoàn và Đoàn trực thuộc; các Bí thư, Phó Bí thư các cơ sở Đoàn trực thuộc các khối tham dự.